D'après les deux journaux, le déficit opérationnel de Brussels Airlines en 2009 a atteint 73 millions d'euros, contre 4,7 millions en 2008. Brussels Airlines a, comme l'ensemble du transport aérien, souffert de la crise économique qui s'est traduite par une baisse de la fréquentation mais aussi un recul des revenus. La compagnie aérienne a également dû tenir compte de dépenses de 15 millions d'euros pour l'entrée au sein de Star Alliance et le transfert de ses clients vers le système de fidélisation Miles & More. L'entreprise a aussi souffert de sa politique de hedging fuel, les contrats de couverture contre le prix du carburant. La société génère cependant un cashdrain de 20 millions d'euros et elle bénéficie actuellement de 300 millions d'euros de cash.