Selon le quotidien flamand "De Morgen", la SNCB aurait transféré plusieurs millions d'euros du poste budgétaire relatif au transport des voyageurs à celui des transports de marchandises. Elle aurait ainsi manipulé sa comptabilité. Le porte-parole a rappelé que l'assemblée générale de la SNCB, après le collège des commissaires, a approuvé les comptes annuels 2009 sans réserves. Il a cependant admis qu'il y a une différence d'interprétation entre la Cour des comptes et la SNCB sur les règles d'estimation des ateliers. La Cour des comptes et l'assemblée générale n'en ont pas moins approuvé les comptes annuels.